jaketmp

Logo

Bits and pieces of code from Jake TM Pearce

View My GitHub Profile

Publications

2019

The nPYc-Toolbox, a Python module for the pre-processing, quality-control, and analysis of metabolic profiling datasets,
CJ. Sands, AM. Wolfer, GDS. Correia, N. Sadawi, A. Ahmed, B. Jiménez, MR. Lewis, RC. Glen, JK. Nicholson, JTM. Pearce,
Bioinformatics, btz566,
DOI 10.1093/bioinformatics/btz566

mzTab-M: A Data Standard for Sharing Quantitative Results in Mass Spectrometry Metabolomics
N. Hoffmann, J. Rein, T. Sachsenberg, J. Hartler, K. Haug, G. Mayer, O Alka, S. Dayalan, JTM. Pearce, P. Rocca-Serra, D. Qi, M. Eisenacher, Y. Perez-Riverol, JA. Vizcaíno, RM. Salek, S. Neumann, and AR. Jones.
Analytical Chemistry, vol. 91(5), pp 3302–3310, Jan 2019,
DOI: 10.1021/acs.analchem.8b04310

2018

PhenoMeNal: Processing and analysis of Metabolomics data in the Cloud
K. Peters, J. Bradbury, S. Bergmann, M. Capuccini, M. Cascante, P. de Atauri, TMD. Ebbels, C. Foguet, R. Glen, A. Gonzalez-Beltran, UL Günther, E. Handakas, T. Hankemeier, K. Haug, S. Herman, P. Holub, M. Izzo, D. Jacob, D. Johnson, F. Jourdan, N. Kale, I. Karaman, B. Khalili, P. Emami Khonsari, K. Kultima, S. Lampa, A. Larsson, C. Ludwig, P. Moreno, S. Neumann, J. Ander Novella, C. O’Donovan, JTM. Pearce, A. Peluso, M. Enrico Piras, L. Pireddu, MAC. Reed, P. Rocca-Serra, P. Roger, A. Rosato, R. Rueedi, C. Ruttkies, N. Sadawi, RM. Salek, S-A. Sansone, V. Selivanov, O. Spjuth, D. Schober, EA. Thévenot, M. Tomasoni, M. van Rijswijk, M. van Vliet, MR. Viant, MJM. Weber, G. Zanetti, C. Steinbeck.
GigaScience, giy149, Dec 2018,
DOI: 0.1093/gigascience/giy149

Quantitative Lipoprotein Subclass and Low Molecular Weight Metabolite Analysis in Human Serum and Plasma by 1H NMR Spectroscopy in a Multilaboratory Trial.
B. Jimenez, E. Holmes, C. Heude, RMF. Tolson, N. Harvey, SL. LodgeL, AJ. Chetwynd, C. Cannet, F. Fang, JTM. Pearce, MR. LewisR, MR Viant, JC. Lindon, M. Spraul, H. Schaefer, JK. Nicholson
Analytical Chemistry, vol. 90(20), pp 11962–11971, Sep 2018
DOI: 10.1021/acs.analchem.8b02412

The effects of kisspeptin on β-cell function, serum metabolites and appetite in humans.
C. Izzi-Engbeaya, A. Comninos, S. Clarke, A. Jomard, L. Yang, S. Jones, A. Abbara, S. Narayanaswamy, P. Eng, D. Papadopoulou, J. Prague, P. Bech, I. Godsland, P. Bassett, C. Sands, S. Camuzeaux, M. Gomez-Romero, JTM. Pearce, M. Lewis, E. Holmes, J. Nicholson, T. Tan, R. Ratnasabapathy, M. Hu, G. Carrat, L. Piemonti, M. Bugliani, P. Marchetti, P. Johnson, S. Hughes, A. James Shapiro, G. Rutter, and W. Dhillo
Diabetes, Obesity and Metabolism, vol. 20(12), pp 2709–2926, Jul. 2018
DOI: 10.1111/dom.13460

2016

Development and Application of Ultra-Performance Liquid Chromatography-TOF MS for Precision Large Scale Urinary Metabolic Phenotyping
M. Lewis, JTM. Pearce, K. Spagou, M. Green, A. Dona, A. Yuen, M. David, D. Berry, K. Chappell, V. Horneffer-van der Sluis, R. Shaw, S. Lovestone, P. Elliott, J. Shockcor, J. Lindon, O. Cloarec, Z. Takats, E. Holmes, and J. Nicholson
Analytical Chemistry, vol. 88, pp. 9004–9013, Sep. 2016
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b01481

Power Analysis and Sample Size Determination in Metabolic Phenotyping
B. Blaise, G. Correia, A. Tin, J. Young, A.C. Vergnaud, M. Lewis, JTM. Pearce, P. Elliott, J. Nicholson, E. Holmes, and T. Ebbels
Analytical Chemistry, vol. 88, pp. 5179–5188, May 2016
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b00188

2014

Precision High-Throughput Proton NMR Spectroscopy of Human Urine, Serum, and Plasma for Large-Scale Metabolic Phenotyping
A. Dona, B. Jimenez, H. Schaefer, E. Humpfer, M. Spraul, M. Lewis, JTM. Pearce, E. Holmes, J. Lindon, and J. Nicholson
Analytical Chemistry, vol. 86, pp. 9887–9894, Oct. 2014
DOI: 10.1021/ac5025039

2013

Weaning diet induces sustained metabolic phenotype shift in the pig and influences host response to Bifidobacterium lactis NCC2818
C. Merrifield, M. Lewis, S. Claus, JTM. Pearce, O. Cloarec, S. Duncker, S. Heinzmann, M.E. Dumas, S. Kochhar, S. Rezzi, A. Mercenier, J. Nicholson, M. Bailey, and E. Holmes
Gut, vol. 62, pp. 842–851, Jun. 2013
DOI: 10.1136/gutjnl-2011-301656

2010

Novel Computational Approaches to Characterising Metabolic Responses to Toxicity via an NMR-Based Metabonomic Database
JTM. Pearce
University of London, PhD Thesis in Computational Biology, 2010
PDF

Ultra Performance Liquid Chromatography-Mass Spectrometry Profiling of Bile Acid Metabolites in Biofluids: Application to Experimental Toxicology Studies
E. Want, M. Coen, P. Masson, H. Keun, JTM. Pearce, M. Reily, D. Robertson, C. Rohde, E. Holmes, J. Lindon, R. Plumb, and J. Nicholson
Analytical Chemistry, vol. 82, pp. 5282–5289, Jun. 2010
DOI: 10.1021/ac1007078

2008

Robust algorithms for automated chemical shift calibration of 1D H-1 NMR spectra of blood serum
JTM. Pearce, T. Athersuch, T. Ebbels, J. Lindon, J. Nicholson, and H. Keun
Analytical Chemistry, vol. 80, pp. 7158–7162, Sep. 2008
DOI: 10.1021/ac8011494

2007

The mechanism of galactosamine toxicity revisited; A metabonomic study
M. Coen, Y. Hong, T. Clayton, C. Rohde, JTM. Pearce, M. Reily, D. Robertson, E. Holmes, J. Lindon, and J. Nicholson
Journal of Proteome Research, vol. 6, pp. 2711–2719, Jan. 2007
DOI: 10.1021/pr070164f

2005

The Consortium for Metabonomic Toxicology (COMET): aims, activities and achievements
J. Lindon, H. Keun, T. Ebbels, JTM. Pearce, E. Holmes, and J. Nicholson
Pharmacogenomics, vol. 6, pp. 691–699, Oct. 2005
DOI: 10.2217/14622416.6.7.691

Summary recommendations for standardization and reporting of metabolic analyses
J. Lindon, J. Nicholson, E. Holmes, H. Keun, A. Craig, JTM. Pearce, S. Bruce, N. Hardy, S. Sansone, H. Antti, P. Jonsson, C. Daykin, M. Navarange, R. Beger, E. Verheij, A. Amberg, D. Baunsgaard, G. Cantor, L. Lehman-McKeeman, M. Earll, S. Wold, E. Johansson, J. Haselden, K. Kramer, C. Thomas, J. Lindberg, I. Schuppe-Koistinen, I. Wilson, M. Reily, D. Robertson, H. Senn, A. Krotzky, S. Kochhar, J. Powell, F. van der Ouderaa, R. Plumb, H. Schaefer, and M. Spraul
Nature Biotechnology, vol. 23, pp. 833–838, Jul. 2005
DOI: 10.1038/nbt0705-833

2001

The crystal structure of human phosphoglucose isomerase at 1.6 A resolution: implications for catalytic mechanism, cytokine activity and haemolytic anaemia.
J. Read, JTM. Pearce, X. Li, H. Muirhead, J. Chirgwin, and C. Davies
Journal of Molecular Biology, vol. 309, pp. 447–463, Jun. 2001
DOI: 10.1006/jmbi.2001.4680